质粒DNA的提取及其琼脂糖凝胶电泳实验报告及思考题

1.实验目的:(1)通过本次实验学习和掌握碱裂解法提取质粒;(2)通过本次实验学习琼脂糖凝胶电泳检测DNA的方法和技术;2.实验材料及用品(1)实验仪器(apparatus):恒温培养箱(Constanttemperatureincubator)、恒温摇床(Constanttemperatureshakingtable)、高速离心机(Highspeedcentrifuge)、漩涡振荡器(Vortexmixer)、超净工作台(Bechtop)、高压灭菌锅(Autoclave)、微量加样器(Pipettes)、烧杯(beaker)、量筒(graduatedcylinder)、玻璃棒(stirbar)、微波炉(microwave)、天平(Panbalance)、电泳梳子(comb)、电泳槽(electrophoresistank)、电泳器(Electro-phoresisSystem)、紫外灯(Ultraviolettransilluminator)3)、材料与试剂(Reagents):①溶液I(SolutionⅠ):溶液I可成批配制,每瓶约100ml,10磅高压蒸气灭菌15分钟,贮存于4℃。②溶液Ⅱ(SolutionⅡ):新鲜配制,等体积混合0.2mol/LNaOH(临用前用10mol/L贮存液现用现稀释);1%SDS(可用10%贮存液稀释配制)注意:SDS易产生气泡,不要剧烈搅拌。③溶液III(SolutionⅢ,100mL):加上后混匀会形成絮状沉淀60mL5mol/LKAc,11.5mL冰醋酸,28.5mLH2O(该溶液钾离子浓度为3mol/L,醋酸根离子浓度为5mol/L)④TE液缓冲液:10mmol/LTris-HCl(pH8.0);1mmol/LEDTA(pH8.0)⑤70%乙醇;⑥平衡酚:氯仿1:1:将量取25mlTris-HCl(pH8.0)平衡苯酚,加入24ml氯仿和1ml异戊醇,充分混合后,移入棕色玻璃瓶中,4℃保存。⑦LB培养基:胰化蛋白胨10g酵母提取物5gNaCl15g⑧琼脂糖(Agarose);⑨1liter(升)5×TBE备用溶液(stocksolution):54gtrisbase,27.5g硼酸(boricacid),20ml0.5mol/LEDTA,pH8.0;⑩6×凝胶加样缓冲液:0.25%溴酚蓝(bromophenolblue),40%蔗糖(sucroseinwater);另外还有的试剂是:胰RNA酶、DNAMarker、硼酸、Gelview试剂(2)实验材料:含有pUC19质粒的大肠杆菌等。3.实验原理:1)质粒DNA的提取:(1)关于质粒:质粒是一类存在于几乎所有细菌中染色体之外(细胞质中)呈游离状态的双链、闭环的DNA分子。质粒通常携带有染色体上所不存在的能够表达产生抗生素、耐受重金属等重要性状的基因。细菌质粒的大小范围从1kb至200kb以上不等,且拥有自己的复制起始位点,可不依赖于染色体而进行独立自主复制。一些小的质粒利用宿主细胞的酶进行复制,而较大的质粒则自身携有复制与编码的有关酶。(2)一般分离质粒DNA的方法都包括3个步骤:①培养细菌,使质粒DNA大量扩增;②收集和裂解细菌;③分离和纯化质粒DNA。分离制备质粒DNA的方法很多,其中常用的方法有碱裂解法、煮沸法、SDS法、羟基磷灰石层析法等。在实际操作中可以根据宿主菌株类型、质粒分子大小、碱基组成和结构等特点以及质粒DNA的用途进行选择。(3)碱裂解法提取大肠杆菌质粒DNA的原理:碱裂解法提取质粒DNA是根据共价闭合环状质粒DNA和线性染色体DNA在拓扑学上的差异来分离质粒DNA。在pH值介于12.0~12.5这个狭窄的范围内,线性的DNA双螺旋结构解开而变性,尽管在这样的条件下,共价闭环质粒DNA的氢键会被断裂,但两条互补链彼此相互盘绕,仍会紧密地结合在一起。当加入pH4.8乙酸钾高盐缓冲液恢复pH至中性时,共价闭合环状的质粒DNA的两条互补链仍保持在一起,因此复性迅速而准确;而线性的染色体DNA的两条互补链彼此已完全分开,因复性较缓慢且不准确而相互缠绕形成不溶性网状结构。而复性的质粒DNA恢复原来构型,保持可溶性状态。通过离心,染色体DNA与不稳定的大分子RNA,蛋白质-SDS复合物等一起沉淀下来而被除去,最后用酚氯仿可以抽提纯化上清液中的质粒DNA。2)质粒DNA的琼脂糖凝胶电泳:(1)关于电泳技术:电泳常用于分离和纯化那些分子大小、电荷性状或分个构象有所不同的生物大分子——尤其是蛋白质和核酸。正因为如此,电泳已成为生物化学和分子生物学中应用最为广泛的技术之一,其中在分子生物学实验中最为常用的是琼脂糖凝胶电泳。琼脂糖是一种海藻多糖,琼脂糖胶分离范围很大,但其分辨率却相对较低。通过改变琼脂糖凝胶的浓度,应用标准的电泳技术可以分离200到50,000bp大小的DNA片...

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