甜瓜属REMAP分子标记系统的建立和应用#王东，江彪，娄群峰，陈劲枫*******（作物遗传与种质创新国家重点实验室，农业部南方蔬菜遗传改良重点开放实验室，南京农业大学）摘要：基于甜瓜属Ty1-copia类逆转座子的长末端重复序列信息，结合ISSR引物序列，在体系优化的基础上，建立了适用于甜瓜属物种的REMAP(Retrotransposon-microsatelliteAmplifiedPolymorphism)标记系统。进一步对46份甜瓜属不同生态型材料进行聚类分析，发现该标记系统能有效检测甜瓜属不同类型材料间的多态性，说明该REMAP标记系统可成为甜瓜属品种鉴定及指纹图谱构建的新方法。关键词：甜瓜属；分子标记；REMAP；多态性：S63TheDevelopmentandApplicationofREMAPMolecularMarkerTechniqueinCucumisWANGDong,激ANGBiao,LOUQunfeng,CHEN激nfeng(StateKeyLaboratoryofCropGeneticsandGermplasmEnhancement,HorticultureDepartment,Nan激ngAgricultureUniversity)Abstract:REMAP(retrotransposon-microsatelliteamplifiedpolymorphism)markersystemwasdevelopedbasedonthelongterminalrepeat(LTR)sequenceofTy1-copiaretrotransposoninCucumis,andcombinedwiththeprimersofISSR.Itwasemployedforphylogeneticanalysiswith46differentmaterialsinCucumis.Theresultsindicatedthatthisnewmarkersystemcandetectpolymorphismamongdifferentmaterial,andcanbeusedforvarietyidentificationandfingerprint.Keywords:Cucumis;molecularmarker;REMAP;Polymorphism0引言逆转座子（Retrotransposon）是高等植物中种类最多、分布最广的一类可移动因子。逆转座子贯穿植物整个生命过程，并且是构成植物基因组的主要成分。其转座过程以RNA为中间媒介，通过逆转录酶所主导的DNA-RNA-DNA方式转座，每转座一次，其拷贝数就增加一次，从而成为植物基因组的重要组成部分[1]。根据是否具有长末端重复序列LTR（longterminalrepeat）。可将其分为LTR和非LTR两类[1-2]。目前研究较多的是LTR类逆转座子，是一类异质性很高的群体，以高拷贝数形式出现，广泛存在于常染色体中，在植物中表现插入多态性[3]。逆转座子的广泛分布、高度异质及拷贝数多等特性使其成为研究植物遗传多样性和进化的理想工具。REMAP（(Retrotransposon-microsatelliteamplifiedpolymorphism)）是其基于逆转座子长末端重复序列并结合ISSR开发的应用比较广泛的标记系统之一。已有研究表明REMAP标记系统具有谱带丰富、多态性高，以及操作简便等优点[4]，在品种鉴定和遗传多样性分析方面具有广泛的应用价值[5]。#基金项目：教育部高等学校博士学科点专项科研基金项目（20070307034；20090097110024）*作者简介：王东（1986-），男，硕士研究生，主要从事蔬菜作物遗传育种和生物技术方面研究*通信联系人：陈劲枫（1956-），男，博士生导师，主要从事蔬菜育种与生物技术方面.E-mail:jfchen@njau.edu---本文于网络，仅供参考，勿照抄，如有侵权请联系删除---甜瓜属包括甜瓜（CucumismeloL.）和黄瓜（C.sativusL.）两种重要作物，但其遗传基础狭窄，黄瓜栽培种间的多态性仅为3%-9%，进一步开发多种分子标记系统对于促进甜瓜属植物基因组研究具有重要的意义。我们的前期研究发现逆转座子在黄瓜的基因组中分布广泛[6]，基于逆转座子的标记系统将能有效地进行黄瓜遗传多样性的分析。我们还基于逆转座子开发了SSAP标记[7]。虽然SSAP标记能够有效地用于揭示甜瓜属不同材料间的遗传多样性，但是该标记系统基于酶切和PCR技术，对DNA质量要求较高，操作步骤繁多，在一定程度上限制了其应用。因此，基于逆转座子在甜瓜属作物中的广泛分布特点，进一步开发多态性高、操作简单，基于逆转座子的标记系统在黄瓜这样遗传基础狭窄的作物中具有重要的意义。本文根据黄瓜中Ty1-copia类逆转座子的LTR序列，首次开发建立了适于甜瓜属的REMAP标记系统，并用于甜瓜属品种间的多样性分析。1材料与方法1.1材料以本实验室从国内外收集到的46份甜瓜属材料。23份黄瓜材料和23份甜瓜收集于中国南北方以及各大洲多个国家，包括各个基因型。名称及见表1。表1用于REMAP标记系统所使用...