SSR鉴定水稻两系杂交种纯度的运用与探讨IV.不同品种同一引物检测试验摘要：根据引物筛选结果，选出9个均可用SSR引物RM17检测纯度的两系杂交稻品种，通过室内鉴定判断品种间的分子学差异。同时通过田间正季鉴定判断品种间的植物学特征差异，探讨SSR引物的分辨力和可靠性。结果表明,当遗传背景较近的品种相互混杂时，用单对引物不能有效区分。关键词：两系杂交稻；SSR；不同品种；同一引物；纯度鉴定；比对中图分类号：S511；Q789文献标识码：A文章编号：0439-8114(2012)21-4720-02StudyonDetectionofSeedPurityofTwo-lineHybridRicebySimpleSequenceRepeat(SSR)IV.ExperimentsofDetectingDifferentVarietiesbySamePrimerZHAOHongl,ZHANGYu-feil,LINMei1,LIAOFang-lil,XIONGXian-fengl,TUShu-xin2,ZHANGKai3(1.SeedAdministrationBureauofJingzhou,Jingzhou434020,Hubei,China；2.HuazhongAgriculturalUniversity,Wuhan430070,China；3.CollegeofAgriculture,YangtzeUniversity,Jingzhou434025,Hubei,China)Abstract：Accordingtoprimersortingresults,seedsof9two-linehybridricevarietiesofwhichthepuritycouldbedetectedbySSRmarkerRM17werechosentoidentifytheirmoleculardifferencesbylaboratorytests.Atthesametime,thediscretionanddependabilityofSSRmethodswasevaluatedbythemorphologicalandbiologicaldifferencesinthefield・Itwasconcludedthatvarietieswithsimilargeneticbackgroundcouldnotbedistinguishedbyonlyonepairofprimer.Keywords:two~linehybridseeds；differentvarieties；onepairofprimer；purityidentity；alignment利用SSR分子标记鉴定两系杂交稻种子纯度，具有快速、稳定、重复性好、多态性明显的优点，是现在室内鉴定种子纯度应用最广泛的分子标记方法。该方法一般是从大量的引物中筛选出多态性高、共显性强，双亲谱带清晰的1对引物,然后用这1对引物来鉴定杂交稻种子的纯度[1-7]o但是往往1对引物对多个品种都具有多态性，且符合引物筛选的标准，就意味着1对引物可用于多个品种的纯度鉴定，这为筛选引物和鉴定品种提供了方便。可是如果这些品种之间发生了混杂，用目前的方法是否也能发现并得到准确的纯度鉴定结果却鲜见报道［1,8,9］。为了探讨同一引物对不同品种间混杂株的分辨率，判断单对SSR引物测定两系杂交稻种子纯度的准确性和可靠性，特开展此试验。1材料与方法1.1材料本试验共用9个杂交稻品种做材料，其中天两优616、两优17、苯两优639三个品种由湖北省种子管理局提供；丰两优香1号、荆两优10号、深两优5814、两优6326、Y两优1号、扬两优6号6个品种由荆州市种子管理局从市场上抽取商品种子，并经生产企业确认。所用引物及试剂均由北京鼎国生物有限公司提供。1.2DNA模板制备和引物选择DNA模板的制备：每个品种从田间抽取10株标准单株，用农业部推荐的简易法提取DNA,用这10株单株的混合DNA作为模板进行鉴定。引物选择：选取在两系杂交种纯度检测时使用频率较高，且上述9个品种均可使用的RM17作为检测引物。1.3PCR反应体系PCR扩增反应总体积10UL:10Xbuffer1uL,10ininol/LdNTP0.2uL,50ng/PLprimer0.2uL+0.2uL,2U/uLTaq酶0.6uL,25ng/uLDNA1uL,ddH206.8uLoPCR扩增程序：94°C预变性4min；94°C变性15s,55°C退火15s,72°C延伸30s,35个循环；72°C下延伸7mino扩增产物在浓度为3%、含EB的琼脂糖凝胶中进行电泳后，应用凝胶成像系统观察记录。1.4田间正季鉴定田间鉴定于2011年4月15日播种，5月15日移栽。每品种田间种植1个小区，每小区种植500株，株行距为16.7cmX26.7cm,共10行，每行50株，并设亲本对照。在抽穗前及齐穗后分两次按GB/T3543.5-1995进行田间纯度鉴定，并观察比较各品种间的植物学特征。2结果与分析2.1各品种纯度的SSR鉴定结果在同一条件下，利用SSR引物RM17对丰两优香1号、荆两优10号、深两优5814、两优6326、Y两优1号、天两优616、两优17、苯两优639和扬两优6号9个两系杂交稻品种进行室内纯度的分子学检测。结果表明，9个品种室内SSR引物鉴定谱带特征一致，琼脂糖电泳不能区别互相混杂的杂株类型（图1）。由图1可知，9个品种电泳后，都呈...