对植物-微生物相互作用系统的理解编辑：克里斯，科罗拉多州立大学，美国审査：卡米拉卡尔达纳，巴西乙醇科技实验室，能源电子材料/协会德鲁兹德，巴西威斯康星大学-迈赫迪，麦迪逊，美国对应：植物与微生物相互作用的植物与微生物的共生体，包括病原微生物和植物flfi性密切相关的影响。分子遗传学的方法已经发现了一些从植物和微生物及其行为模式的信令组件。然而，信号转导通路是高度相互关联和fl受不同的环境因素。因此，它是为了了解植物-微生物相互作用的本质有重要的系统观。在微生物群落的植物进一步指向系统方法的重要性，相关的宏基因组学进展和幵放的微生物群落重建的研宄。在这篇综述中，我们突出植物-微生物和互作用系统重要性的认识。关键词：系统生物学，实验网络重构，植物激素，免疫性，鲁棒性，可调性，病原菌的效应，微生物群落介绍：系统生物学是生物学领域，R在全面的和机械的复杂和动态的生物过程和现象的理解。系统生物学的方法开始与系统识别fi阳离子，在（几乎）的生物系统的整体部件识别fi通过功能基因组学和比较基因组学。这是由或耦合的系统分析，在活动的各个组成部分和它们之间的相互作用进行了测量，数学和计算模型来描述和预测系统的构成关系和解释系统的内在特性。所产生的模型是用来建立新的假说是实验验证fiED,和实验验证fi信息增加下一轮的模型分辨率。这些重复的过程将推进机理的了解和生物体系特征出现性能（理解系统），并最终提供用于控制生物系统和设计新的生物性状的基础上（，2002；2010鹈饲上田，）由于不动的生活方式，楨物需要优化他们的fi性在他们的生活环境。病原微生物和互惠的主要因素，影响植物flfi性和使用的寄主植物生长。与此相一致，寄主植物和微生物的协同进化，并获得了一些调节它们之间的相互作用的结果，机制（琼斯和摇晃，2006；Oldroyd,2013）。此外，植物对微生物是由不同的非生物环境因素如温度和光照的影响（肀，2013）。因此，植物-微生物的相互作用是非常复杂的，动态的生物过程。所以，系统生物的方法需要了解植物-微生物相互作用的本质。植物依靠他们的先天免疫系统抵御病原微生物。模式触发免疫（PTI）和效应触发的免疫力（ETI）是两徳fi内德模式植物抵御微生物病原体的先天免疫（琼斯和摇晃，2006；2010津和片桐，）。PTI是通过保守的微生物的分子称为微生物相关分子模式识别触发（毫安）的质膜木地化的模式识別受体（PRRS;2009;摩纳根和基普斐，2012）。特点的拟南芥PRRS包括flagellin传感2（FLS2）为f!G22（一个22个氨基酸的肽从细菌蛋Gflagellin）,延长因子Tu（EF-Tu）受体（EFR）为elfl8（—个18个氨基酸的肽从细菌蛋白EF-Tu）,和几丁质诱异受体激酶1（cerkl）甲壳素（的一部分真菌细胞壁；青紫等。，2006；基晋斐等。，2006；宫等。，2007；万等人。，2008）。PTI是有效对抗微生物入侵的大多数情况下。然而，致命的病原体冇不同的机制来抑制PTI在协同进化（琼斯，2006；和他摇锅炉，2009）。例如，一组的效应蛋白进入植物细胞操纵PTI信令（斗和周，2012）。对抗病原体的毒力，楨物进化的电阻（R）的蛋白质，这往往是核苷酸结合的富含亮氨酸重复蛋白（NLRS）作为细胞内受体特异性识别病原fi效应直接或间接地,依次激活ETI（琼斯和摇晃，2006；雅各伯等，2013。）。例如，对拟南芥抗丁香假单胞菌nlrs，2（RPS2和电阻）对光伏。丁香。（1maculicolaRPM1），认识到行动的细菌和avrrpmleffectorsavrrpt2（琼斯和dangl总量，2006年）。水杨酸（SA），茉莉酸GA）,和乙烯（ET）是免疫相关激素。人们普遍认为SA信号与营养物和hemibiotrophs所需乘法活的宿主免疫中起着重耍的作用，如（HPA）和丁香假单胞菌。和反，ET信令jA和感染过程中对necrotrophs积极杀死宿主免疫的主要贡献者。由于jA,ET，和SA信号通路密切互动与协同和拮抗作用（彼得斯等人。，2009）,这些信号通路的形成一个复杂的网络调节植物免疫。在这篇综述屮，我们描述一个植物-微生物相互作用系统的理解可以利用功能基因组学，蛋白质等-蛋白质相互作用，转录组学和基因组学。我们将重点放在复杂生物网络重构的实验，如激素信号转导网络，为阐明复杂的...