GeneMapper软件微卫星分析中文简易操作手册微卫星分析流程：软件术语介绍：术语定义AnalysisParameters软件中分析样品所使用的特定设置；用于计算片段大小和基因型，这些特定设置包括analysismethod,sizestandard和panelbin在marker内设定等位基因的片段大小和颜色binset等位基因特定实验条件下一组binmarker微卫星标记，通过位点名称、片段大小、荧光标记和重复长度进行设定panelMarker组合kitpanel组合设定微卫星分析方法：1.登录软件2.创建分析所需kit、panel和marker等参数；3.创建新文件，导入数据；4.设置分析参数；5.执行初始分析；分析并检查结果：1.编辑分析方法；2.分析数据；3.查看结果；打印并导出数据（可选）：1.打印结果；2.导出结果。一．设定微卫星分析方法：1.登录GeneMapper软件：1.1选择开始--AllPrograms--AppliedBiosystems--GeneMapper--GeneMapper；或双击桌面快捷方式打开软件；1.2登录GeneMapper软件：用户名默认为gm，在Passwprd中输入密码，点击OK进入GeneMapper软件2创建分析所需kit、panel和marker等参数:2.1点击软件上方工具栏Tools，选择PanelManager；2.2在PanelManager对话框中，选中1PanelManager，点击2新建Kit；于NewKit对话框中依次输入Kit名称，Kit类型，并点击OK保存设置；2.3在PanelManager对话框中，选中1STRKIT，点击2新建Panel；3中输入Panel名称；2.4选中1STRpanel，点击2新建Marker，在3位置依次输入MarkerName(Marker名称)，DyeColor(荧光标记种类)，MinSize，MaxSize(片段最小值和最大值)，MarkerRepeat(重复次数)；2.5重复2.4步骤，完成所有Marker设置，点击OK保存；3.创建新文件，导入数据：3.1点击1新建文件夹，在2ProjectType中文件夹类型选择Microsatellite，点击OK；3.2导入数据：点击1AddSamplesToProject添加数据，在弹出的对话框中选择待分析数据，通过3AddToList添加到右边的面板中，点击4Add完成数据添加；4.设置分析参数：4.1完成数据添加后，在1位置，AnalysisMethod中选择NewAnalysisMethod新建分析方法；在弹出的对话框中选择分析类型2Microsatellite，点击OK确认；4.2设置分析参数：在AnalysisMethodEditor中，点击1General，填写2Name（分析方法名称）；之后点击3Allele，在将4BinSet选择none；其它参数为软件默认，不需要修改；点击OK确认；4.3选定好之前设定的分析方法，在后续的栏目中设定Panel和SizeStandard（分子量内标）；4.4完成分析参数设定后，选中AnalysisMethod，Panel和SizeStandard栏目，点击1File，选择2FillDown；此时，AnalysisMethod，Panel和SizeStandard栏目会使用之前选定的分析参数；也可以使用鼠标分别选择；4.5保存分析文件：点击File，选择SaveProject，输入文件夹名称：5.执行初始分析：5.1点击分析按钮1，分析数据：5.2在1Genotypes中查看初步分析结果，或通过2DisplayPlots选项查看样品分型图：5.3在样品分型图界面中，PlotSetting选择MicrosatelliteDefault；通过软件上方的快捷按钮编辑数据显示方式：6创建BinSet：6.1打开Tools—PanelManager，选中1STRKit，点击2新建BinSet，在弹出的NewBinSet对话框3中输入BinSet名称：6.2添加参考数据：6.2.1确保1BinSet已选择新建的BinSet，选中2STRPanel，此时会显示出之前新建的每个Marker，点击3AddReferenceData添加参考数据；6.2.3在AddMicrosatelliteReferenceData对话框中，选择1参考数据，通过2AddToList添加至右面的面板中，点击3Add，完成添加：6.3生成BinSet：完成参考数据添加后，点击1AutoBin，之后使用软件默认参数，点击2OK，自动生成BinSet：6.4编辑BinSet：分别选中每个Marker1查看其对应的Bin，选中2Bin，右键进行Bin的编辑或者删除，也可通过软件3处的快捷图标进行Bin的编辑；完成后点击OK生成BinSet；二．分析并检查结果：1.编辑分析方法：点击软件上方快捷图标1AnalysisMethodEditor，将Allele中的2BinSet修改为之前新建的BinSet，其他参数保持默认，点击OK；2.点击分析按钮再次分析数据，通过Genotypes查看分型结果，或选中数据通过DisplayPlots查看样品分型图；选中需要查看的数据，否则无法查看SamplesPlot：查看样品分型图：三．打印并导出数据（可选）：1.在View中选择不同的界面（Samples，Genotypes等），再通过File—Export/Print导出或者打印相应的数据：2.在Analysis中选择不同的界面（DisplayPlots，ReportManager等），再通过File—Export/Print导出或者打印相应的数据：