第一章断肠崖夫妻离别，神雕谷人雕为伴。“十六年后，在此重会；夫妻情深，勿失信约。”杨过呆呆地望着小龙女在石壁上的留言，昨晚的满心欢喜顿时化为泡影，一时间万念俱灰。崖边的黄蓉、一灯大师及程瑛、陆无双姐妹均束手无策。为避免杨过做出傻事，黄蓉编造了“南海神尼”的故事，暂时缓解了杨过自杀的念头。随后，众人赶回襄阳，程瑛、陆无双姐妹留下来陪伴杨过。和二人义结金兰后，杨过决定砍光绝情谷内的情花，以免这种奇花继续危害人间。在绝情谷里四周转转，砍光谷内的5株情花（走到粉红色的情花前就会发生战斗了，胜利就算砍掉了一束情花），接着就回山洞休息（洞在起始的小屋前，非常黑暗，一直走撞过去就可以了）。不久，金轮法王和霍都突然造访，绑走了程瑛和陆无双。杨过出手打败金轮法王，霍都贪生怕死，先行逃跑。杨过不愿再开杀戒，于是放走了金轮法王。解开程瑛和陆无双身上的绳索后，三人得以休息。眼看两位义妹跟着自己屡受危险，半夜，杨过修书信一封，辞别两位义妹，独自回神雕谷探望神雕。杨过来到神雕谷（瀑布边的山洞进去可以休息），见到阔别已久的神雕异常高兴。人雕寒暄过后，杨过决定前往独孤求败的剑冢拜访。顺着石阶在第一个山洞往右、第二个山洞往左（往右能拿到疾风散）、第三个山洞往右（往左能拿到子午见骨茶。另外，走到边上，会提示玩家是否要跳下悬崖，千万别选，否则会重新回到神雕谷山下）后来到一条石廊。往下走就可以到剑冢了。看过独孤求败的留言后，杨过决定从此在神雕谷修炼剑术，以消磨16年漫长等待，并尝试攀升到独孤求败的“木剑胜重剑，无剑胜有剑”的境界。随后，返回石廊往上面的一条路走，来到山顶，和神雕切磋武艺。至此杨过日日上山与雕练武，雨雪不断（先学会大鹏展翅，然后将这招熟练度提升到100%，再学会一心求败，接着打还会有机会学到破尽天下，学会前两招后就可以下山了）。第二章海中练剑除海蛟，嘉兴寻妹遇强敌。转眼一年过去，杨过功力大进，于是决定回绝情谷等待龙儿。正欲告别神雕西去，神雕却拦住杨过去路，并把他带到东海渔村。在东海渔村往右来到海滩，神雕将杨过推入海中，原来它是让杨过在海中与海浪搏击来练剑（这里是个小游戏，玩家要靠鼠标来掌握挥剑的力度，基本上玩家挥剑的力度也就是红色的状态条应当略长于海浪的状态条，否则会被突如其来的海浪冲落，最好能保持在前面一点的位置），当杨过达到旱地挥剑有海浪声的境界后竟然已过了六年，此时杨过已对木剑发声收放自如。这天，杨过来到海边船上，几个渔民正为连日捕不到鱼而烦恼。打听后才知道，海中有海蛟出没，把周围的鱼都吃光了。杨过决定帮忙消灭海蛟，于是和三位渔民出海，打伤击船的海蛟后，海蛟逃回不归海。回到渔村，渔民向杨过透露了些关于南海神尼和大智岛的传闻，并提供了嘉兴段老知道详细情况的消息。杨过听后大喜，立刻动身前往嘉兴。（注：这里有个分支情节）。选1：出东海渔村就可以看到大地图了，先往上走到底，接着顺路往右下走，看到一条小溪后再往前就能到嘉兴了。和柯震恶一起找到程瑛、陆无双姐妹，交谈过后程瑛提议去客栈详谈。刚走到镇中，一名白衣人突然出现，掠走了程瑛，并要求柯震恶前往蔽日林一战。柯震恶扬言要独自前往，杨过无奈，只得和陆无双二人在暗中跟着他。出嘉兴往南（依屏幕上的罗盘为准）来到蔽日林，往前过小溪后再往左上岸，遇到昆仑派的青灵子道长。杨过和其交谈得知，其师凌虚道长为给被不明人氏打伤的弟子讨还公道，于三个月前出门追凶，至今下落不明。于是三人结伴同行。往前走看到树路，上树后一路走到底，不要理会边上的叉路，下树后又会看到另一条树路，还是顺着上去的路往左走到底，下树后，柯震恶正在和历风行苦战。杨过和青灵子上前助阵，打退历风行后，青灵子追去，杨过则将昏迷的程瑛和受伤的柯震恶带回嘉兴。选2：杨过决定先找到龙儿再说，于是和渔民王丰对话后，坐船去不归海，（不归海是个坐船的小游戏，文字路线为：RRRURURDDLDLDRDLDLUUULDLDRDDRRRURDRD。R：右，L：左，U：上，D：下。也可参见地图）到了大智岛，但却依然没找到龙儿，杨过在空房里苦等了一个月，随后坐船离开，独自到嘉...