《轩辕剑3外传-天之痕》攻略十六年前，隋朝太师杨素携手下弟子杨拓以不可思议之奇术将陈国举国之兵力尽皆毁灭。陈国军师陈辅以自己孙子之性命保住陈国唯一后裔陈靖仇，并在十年间苦修鬼谷道术同时将毕生所学教授于陈靖仇，以期复国大计。十六年后，靖仇已长大成人。一日，师傅陈辅带靖仇来到伏魔山下……（游戏正式开始）师傅要靖仇跟上他，沿着师傅前行的山路找到师傅后，突见天空现出妖星奇象，待师傅将身世告诉靖仇之后，两人进入山洞中找到传说中的上古神器"昆仑古镜"，可就在靖仇取起古镜的同时却突然唤醒了附身其上的远古魔兽饕餮，陈辅为救靖仇，以毕生之功力化为冰丝将自己和魔兽封在洞中并让靖仇尽快去雷夏泽寻找师伯公山先生以解救自己。伏魔山脚，靖仇唤醒符鬼，独身踏上坎坷人生路……出了伏魔山，靖仇来到东北方的月河村，但却因为村里即将举行河神祭而无法去到北方的雷夏泽，无奈之下靖仇只能去到旅店暂且歇息，并遇到了满头白发的１５岁女孩小雪休息过后出旅店到对面的岳大夫家知道今年他家的女儿被选中成为河神祭的祭品，出来回到旅店却遇到小雪的弟弟小朔正在肯定老板救救小雪，原来小雪突然愿意代替岳大夫女儿成为祭品。老板爱莫能助，小朔气愤之下离开旅店，靖仇出旅店在村子中找到小朔后答应他的请求解救小雪。走月河村树林去到月河河洞，一路去到祭奠之地，但为时已晚，小雪已经被村人丢下河洞。靖仇没有理会村人的讥讽，跳下河洞击败假冒河神的鲛鱼精后救出小雪。可等两人回到月河村的时候看到的却是鲛鱼精滥杀无辜村民的惨剧，虽然两人合力再次击败了鲛鱼精，但视小雪为扫帚星的村民却无法容得下她，失去了亲人的小雪只能随着靖仇一起踏上江湖……来到月河村北方的雷夏泽，靖仇虽然见到了公山师伯，可惜师伯因为协助义军而被宇文太师的"黄金剑（轩辕剑）"所伤，虽侥幸保住性命，但已无余力去解决师弟陈辅。还好公山夫人告诉靖仇只要找到另一上古神?;神农鼎"，用其所炼之药便能化去公山身上之剑气，如果时间来得及，靖仇的师傅还能得救。但据说"神农鼎"已经落在了宇文太师手上，公山夫人建议靖仇不妨先去先前保管"神农鼎"的北方鲜卑族的拓拨部落一探。（在雷夏泽可以和屋门口公山师伯的孙女公山梦玩猜数字游戏，如果四个数字完全猜对则能得到"不老之泉水"，笔者得到的答案是3、5、6、0）来到北方的黑山镇，发现镇上竟然都是女人，打听之下才知道镇人的男人都被抓去了充军，而这两天出现的隋兵竟然连男童都不防过，要将他们抓去杀死后以童子血给什么郡主养颜，进客栈后靖仇听到外边有喧哗声，出去一看正是隋兵在捕捉男童，靖仇正要出手相救之时，拓拨部落首领的妹妹拓拨玉儿出现将隋兵杀死，但隋兵首领高尉官忽然化身为魔将玉儿击伤，靖仇遂出手相救。但讨厌隋人的玉儿并不领这个情，倒是随后赶来的玉儿的姐夫张烈（三郎）热情相邀靖仇去客栈一会，靖仇因此获得了"神农鼎"的消息并决定和张烈（张烈会加入战斗队伍）一起去附近的隋军军营一探究竟。（在黑山镇可以接下药店老板女人的找寻九种花木的任务，此外如果和镇口右边门前有老头的屋子中的小女孩猜拳获胜的话，可以得到一个翠玉金钗。）离开黑山镇后，一行三人直接去到镇外东面树林中的隋军大营，乘兵营首领司马尉官去黑山镇之机击败守卫的士兵解救下了被抓到那里的男童。扑空的司马尉官赶回后化身为魔，靖仇三人将其击败后回到黑山镇，随后靖仇便随张烈去到黑山镇上的大雁岭拓拨部落所在地方打听"神农鼎"的消息。在月儿夫人的帐篷中见到玉儿，但她对隋人的敌意依然不消，出帐篷后张烈让靖仇她们暂且在部落中休息，他自会派人去打听消息，六天后消息终于来了，正当靖仇他们在大帐听张烈讲述神农鼎下落的时候，月儿夫人赶来告诉大家玉儿独自一人去劫神农鼎了，焦急之下张烈决定和靖仇一起去找寻玉儿。靖仇三人来到东南的芦家渡，去到渡口，但因为皇帝在征妃子因此无法搭乘渡船，小雪觉得玉儿很有可能会被官兵抓起来关在渡船之上，三人决定将计就计，由小雪和靖仇扮成女娃，而张烈则装成押解它们的士兵以混上传。商定之后三人分开行事，张烈去找件隋兵衣服，而靖仇和小雪则去找找胭脂（红色的花，就在渡口...