这是第2部主要内容29——30话爱丽丝学园，班长得到了优等生奖返家一星期。在这段时期，社会上出现了离奇的爱丽丝能力消失事件，原因不明，学园中人心惶惶。蜜柑回到特力系，见到一个陌生的学长，此人正是特力系的代表殿内明良，拥有增幅的爱丽丝。一个星期的假期结束，载班长回来的汽车在路上差点撞倒一个女人，班长亲切地将女人扶起。班长带了很多礼物，小莹的企鹅出场，卷发让班长使出爱丽丝吓吓几个恶作剧的学生，发现班长的爱丽丝也消失了。经过调查，犯人是回程碰到的那个女人，那个女人拥有盗窃的爱丽丝，并与Z组织有关，听到“Z组织”三个字，蜜柑瞬间想起抓走枣的那一伙人，蜜柑询问枣是不是知道什么，枣不理她，蜜柑生气。流架在一旁看出端倪，隐约感到枣对蜜柑的感情。而另一方面，学园突然通知全校学生说Z组织的入侵者侵入学园了……31——32话小莹驾着自己的天鹅飞车载着蜜柑赶到出事地点。入侵者是一男一女，女人在听到小莹喊蜜柑的名字时愣了……正在这时，学园的保卫出现，小莹为救蜜柑中弹昏迷。打中小莹的子弹含有致命病毒，短时间内找不到解毒方法，小莹陷入危险。蜜柑在看到小莹痛苦的样子后十分自责。殿带蜜柑回到特力系，大家讨论为什么Z组织的成员可以潜入学园，殿说出隐藏在高中部的一个传说，传说高等部曾经有一名学生拥有扭曲空间的爱丽丝，穿越那个扭曲时空而产生的洞就可以不受结界影响地随意进出学园，而洞穴就隐藏在高等部的某处……33——34话危险能力系开会，枣借故中途离开，偶然听到老师们说小莹的事情校长不会对蜜柑善罢甘休……枣一个人探望小莹，借助读心护士的爱丽丝，枣听到了小莹对他说的话，“枣，你为什么在这里，你现在该去的地方，不是蜜柑他们身边吗？”枣听后动容。在听到殿关于洞穴的传说后，蜜柑说出希望沿着洞穴出去追踪Z组织为小莹找寻特效药的想法。流架和枣也愿意帮忙，殿答应帮他们潜入高等部，企鹅从小莹的包包中拿出格列弗糖果分给众人……格列弗糖果是一种很奇特的糖果，服用者会随着包装上面的数字增加或减少几岁。四人终于来到了高等部，新闻部部长说出他所知道的有关洞穴的消息，洞穴的确存在，而且在洞穴的疑是地点常常可以看到两个幽灵的身影，其中一人的样貌和学园总代表樱野很像。35——36话大家觉得传说中的洞穴十有八九和樱野总代表有关系，打定主意后一行人悄悄潜入学生会室。樱野答应帮助他们，条件是有关于洞穴的事要严守秘密，四人终于借由洞穴得知了入侵者的行踪，临行前殿将自己的爱丽丝石交给蜜柑。B班教室内，鸣海在得知四人的秘密行踪后气极……四人从洞穴掉出后来到一个森林，流架从动物们口中得知Z组织的一行人的确来到这里，四人沿途追去。蜜柑打开备用食品包，发现小莹的企鹅偷偷藏在包里。梅度莎石化爱丽丝的能力转移到树木上，这些拥有石化能力的树木突然向四人发起攻击，四人快速逃离，眼看流架将被石化，蜜柑激动地扑到流架的身上……第37话情急之中蜜柑引发了无效化爱丽丝，一行人脱险。蜜柑诧异于自己力量的增强，翼告诉蜜柑，是因为她身上所带的殿的爱丽丝石的缘故。晚上四人休息，湖边，流架借着月光与蜜柑聊天，并说出自己有能力制造爱丽丝石的那一天会将爱丽丝石送给蜜柑。原来爱丽丝学园有一种说法，互相交换爱丽丝石的人会变成一对情侣，蜜柑不知其中缘故，告诉流架她会很高兴地收下流架的爱丽丝石，并承诺也会将自己的送给他，流架感动。流架离开，一旁的树丛中，枣的身影显露出来……第38话原来枣一直隐藏在树丛中，他听到了流架和蜜柑的对话……蜜柑想起有关爱丽丝结晶石的回忆，心中揣测也许最需要自己爱丽丝的人是枣，于是说出要将自己的爱丽丝石送给枣，枣吃惊……入夜，蜜柑和流架都睡了，突然，枣在一阵狂咳中醒来，并咳出了血，翼看到后大惊……39——40话翼惊讶地看着枣，枣警告他不准将自己的身体情况告诉别人。四人终于找到了Z组织一行人的行踪，而他们也被Z组织的负责人发现……潜入学园救同伙并偷走班长爱丽丝的女人终于露出了真面目，她叫安积柚香，拥有盗窃的爱丽丝，在看到蜜柑等人出现在屏幕上后，她吃惊地盯着蜜柑的脸……四人终于找来到Z组织分部的入口，蜜柑不幸...