三个新的大白菜CBL基因的鉴定和特征分析摘要：利用大白菜已知CBL基因序列，在公共核酸数据库屮重新搜索比对犬白菜的基因组序列，鉴定出3个新的大白菜CBL基因，并对这3个基因的结构、遗传进化和顺式元件进行了分析，为进一步克隆和研究这些基因的功能提供了有益借鉴。关键词：大白菜；CBL基因；基因结构；遗传进化；顺式元件中图分类号：Q785文献标识号：A文章编号：1001-4942(2012)12-0007-04IdentificationandCharacteristicsAnalysisofThreeNovelCBLGenesfromChineseCabbageZhangYongTaol,LiuLiFeng2,HuanQin3,WangFengDe2,GaoJianWei2,(l.InstituteofVegetables,Sciences,Linyi276012,China；LiHuaYin2,ZhangYiHui2,WangLiLiBin2*LinyiAcademyofAgricultural2.InstituteofVegetables,ShandongAcademyofAgriculturalSciences/ShandongKeyLaboratoryforBiologyofGreenhouseVegetables/ShandongBranchofNationalVegetableImprovementCenter,Jinan250100,China；3.LelingAgriculturalBureau,Leling253600,China)AbstractThreenovelCBLgeneswereindentifiedfromChinesecabbagebyusingtheknownCBLgenesofChinesecabbageasqueriestoblasttheChinesegenomesequencesinpublicnuclearaciddatabases.Thestructure,phylogenyandcis~elementsofthesegeneswereanalyzed・ThisstudyprovidedvaluableinformationforfurthercloningandfunctionalanalysisofthesenovelCBLgenes.KeywordsChinesecabbage；CBLgenes；Genestrueture；Phylogeny；Cis-elements近年来研究表明，植物中一类与钙结合的蛋白（类钙调磷酸酶B亚基蛋白，Calcineurin-Blikeprotein）基因CBL家族在植物应答干旱、盐碱、低温胁迫、矿质营养吸收、ABA以及钙信号转导过程中具有重要功能［2,5,10,13,15,17］,CBL蛋白主要是作为钙感受器与一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（CIPK）互作来调控下游基因的表达，以响应各种不同的逆境和激素信号［2,4］。例如，在拟南芥中CBL4（S0S3）和CBL10蛋白可以和CIPK24（S0S2）结合，调控下游基因S0S1（钠离子/质子-反向运输的载体）的表达，促进细胞中钠离子的排出，从而提高植物对盐胁迫的抗性［2,11,16］。又如,在拟南芥中CBL1和CBL9与CIPK23结合，调控下游基因AKT1的表达，从而促进钾离子的吸收［7,17］o另外，AtCBL2和CTPK11结合可以调控拟南芥对碱（高pH）的抗性［8］；拟南芥AtCBLK2、3、5、10基因在干旱、盐胁迫和ABA信号应答过程中具有重要功能［4,9,12,14,16］o在水稻、玉米等农作物中也有研究［3,8,9,11］,但在我国重要蔬菜作物中缺乏系统研究。在以往的研究中，本文作者通过生物信息学分析，从大白菜基因组中鉴定出13个CBL基因，并对它们的遗传进化进行了分析［1］。在此基础上，作者利用大白菜已知CBL基因序列，在公共核酸数据库屮重新搜索比对大白菜的基因组序列，鉴泄出3个新的大白菜CBL基因，并对这3个基因的结构、遗传进化和顺式元件进行了分析,为进一步克隆和研究这些基因的功能奠定了基础。1研究方法利用大白菜已知CBL基因序列在GenBank中重新搜索比对大白菜的基因组序列(http：//blastncbinlmnihgov/Blastcgi),寻找新的大白菜CBL基因序列，対鉴定出的CBL新基因进行结构分析和遗传进化分析，并对它们启动子序列中的顺式元件进行预测。结构分析利用GSDS(http：//gsdscbipkueducn/)在线进彳亍，遗传进化分析利用MEGA41进行，采用Bootstraptest-NeighborJoining方法，重复500次运算，顺式元件预测采用PlantCARE软件进行在线分析。亚细胞定位预测在WoLFPS0RT(http：//wolfpsortorg/)中进行。2结果与分析21大白菜3个新CBL基因的鉴定和结构特征分析利用已知的大白菜CBL基因序列，在GenBank中重新搜索和比对「，发现了3个新的大白菜CBL基因，分别位于大白菜A01和A10染色体上的BACAC234750KCU6953051和FP325321中，它们在大白菜基因组数据库BRAD中对应的基因位点分别为Bra002301>Bra026421和Bra011404o在BRAD中，Bra002301解析的编码区为333bp,不仅与我们的结果大不相同，与拟南芥等物种中的CBL编码区大小也相差甚远。据此认为，Bra002301的解析结果可能不正确，而BRAD中Bra011404的解析结果...