第一章新人，杰克(选择だいじょうぶ！进入游戏）“这里是口袋妖怪的世界。”……好熟悉的声音“…………我们一起生活，战斗。”……是博士啊“那么，你的名字是？”……是啊，我是？“……杰克。”熟悉的名字一下闪现在我的脑中“……那么，杰克，在这个世界好好加油吧，各种有趣的事情在等着你。”多年以后，又是这个世界么。那，还请多多关照了，大家。（以上过程包括性别选定和主角的取名，各位可以自行根据爱好选择，下文均以杰克作为主角名。）ワカバタウン——若叶镇的二楼，旅程开始了。而主角，也就是我，杰克，正准备出发到空木博士家中去。“啊杰克，是要到博士那里去了？男孩子就是要多旅行来锻炼啊！恩拿些这些，都是必不可少的啊。”（获得日记本工具栏背包训练师卡此四项均作为可选项出现在下屏幕，可进行第一次存档）母亲走过来交给了杰克这些东西便坐下了。出门后，看着夜晚若叶（此处时间仅以攻略时间段，游戏内时间根据真实时间进行改变）的杰克发呆时被迎面而来的一只水鼠撞到，似乎是听到远处的主人召唤，水鼠匆忙跑开了。晚风习习的镇子显得非常的平静，而家旁的河流奏出的闲淡之声更使人不愿离开，不过目前可不能这样，毕竟博士似乎还有什么急事呢。研究所离杰克的家非常近，很快就到了门口，正准备进入的时候，杰克发现了一旁有一个陌生的红发男子。“……别来打扰我。”搭话后却得到如此冷漠回答的杰克只好先进了研究所，看见了早已等待着的博士：“啊，杰克你来的正好，大木博士，就是那位在关东非常有名的博士，最近似乎在城都地区发现了很有趣的东西呢！事实上……”正说话间，空木博士收到了一封邮件“啊，是那位大木博士的信，他说他对找到的东西已经有了一些有趣的发现，他已经把总结的内容和那东西放在一起希望交给我研究，啊但是目前我手里也有研究走不了……所以杰克，你能帮我去找大木博士拿下东西嘛？当然不会叫你一个人去的，路上很危险嘛，这里有三只PM你可以选一个带走哦？答应了吧？”一番连珠炮一般的带着强烈的博士的不可反抗的气魄的话语抛出后杰克理所当然地接受了，选择好自己的搭档后（自草系的菊草叶水系的小锯鳄火系的喷火鼠中三选一，下文统以小锯鳄为例）杰克准备回家跟母亲交代一下就出发，而在离开之前博士的助手大方地赠送了5个伤药。（友情提示：这次的PM可以跟在主角的身后一起冒险，而怪兽的状态栏也细化到了性格的加成会有详细解明的地步，非常的人性化）出门后惊讶地看到之前的水鼠正围绕着那个找它的少女转着圈，少女上前询问了杰克一点事情之后就离开了，原来是博士的孙女，而杰克也马上回到了家中向母亲交代事情“是这样啊……这是好事情啊杰克，妈妈会全力为你后援的！不过既然是出远门就拿着这个好了！”（得到电话成为下屏幕可选项目之一）“杰克应该会用电话吧？不会用的话我就再教你一次好了？”（选择是或否听取使用说明）杰克记下了母亲的电话后离开了，在走到镇口的时候博士匆匆赶来告诉了自己的电话号码：“如果有事情就打我的电话吧！”大木博士的所在地在吉野市（ヨシノシテイ）的北面，所以需要先穿过29号公路到达吉野市，中间可以遇到一些PM和训练师，用来练手非常的适合。到了吉野市，正准备进城的杰克忽然看见了一个笑吟吟的老伯：“呵呵，看你的样子是个新人训练师吧？而且没猜错的话还是第一次来这里对不对？老伯我刚好没事就带着年轻人参观一下好了！”在依次介绍过PC中心商店和各种地方后老伯送给了杰克一双旅行必备的跑步鞋，之后点击下屏幕鞋子标志就可以跑步行走了。（友情提示：这次跑步只要点击了图标就可以持续跑动而不用一直按B，口袋也变得越来越懒了呢，笑）简单做好整理后就从北面的30号路出发去寻找大木博士暂住的小屋吧，不过在离开之前老伯再次追上了杰克：“看我这记性，新人怎么能没有地图呢，呐呐，快拿着吧。”谢过老伯后就继续前进吧！（友情提示：地图选项在手机中查看）30号路有一个分叉被一对正在对战的青年堵住了，不过另外一边就是通向的大木博士的地方了，途中经过树果名人家的时候可以进去拜访一下，这个和蔼的大叔会交给主角装树果的袋子，之后就可以采摘树果了。右侧...