香菇gpd启动子的克隆及序列分析_图文

:1001-4829(201502-0713-05DOI:10.16213/j.cnki.scjas.2015.02.048收稿日期:2014-04-25基金项目:国家食用菌产业技术体系毛木耳和药用菌栽培岗位、金针菇毛木耳育种与菌种繁育岗位、成都综合试验站;财政基因工程(2011JYGC09-025;国家食用菌产业技术体系四川食用菌创新团队作者简介:贾定洪(1977-,男,在读博士,副研究员,主要从事食用菌分子生物学和遗传育种研究,*为通讯作者。香菇gpd启动子的克隆及序列分析贾定洪1,2,王波1,彭卫红1,甘炳成1,黄忠乾1,郑林用1,2*(1.四川省农业科学院土壤肥料研究所,四川成都610066;2.四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室,四川成都610064摘要:以香菇L26菌株为材料,采用Promoterpredictions、WebSignalScanProgram及Gardiner-Garden方法对gpd扩增序列进行启动子及CpG岛预测,MEGA4软件构建与其它食用真菌系统发育树。结果发现该序列(GenBank:KF972468.1具有TAT-box、CAAT-box、IBOXCORE和CpG岛等特征位点,与GenBank中多个食用真菌gpd启动子序列同源性较高,基本证实该序列为香菇gpd启动子,可为转基因研究等提供参考。关键词:香菇;启动子;基因转化:S646.1+2文献标识码:ACloningandSequenceAnalysisofgpdPromoterinLentinusedodesJIADing-hong1,2,WANGBo1,PENGWei-hong1,GANBing-cheng1,HUANGZhong-qian1,ZHENGLin-yong1,2*(1.SoilandFertilizerInstitute,SichuanAcademyofAgriculturalSciences,SichuanChengdu610066,China;2.KeyLaboratoryofBio-re-sourceandBio-environment,CollegeofLifeSciences,SichuanUniversity,SichuanChengdu610064,ChinaAbstract:LentinusedodesL26wasstudiedtoanalyzeitsputativecis-actingregulatoryelementsandCpGislandswithPromoterpredictions,WebSignalScanProgramandGardiner-Garden,andconstructtheirphylogenetictreewithothermushroomsusingMEGA4software.ResultsshowedthatthesequenceofLentinusedodesL26containedthespecificsitesofTAT-box,CAAT-box,IBOXCORE,CpGislandetc.,wasdepositedinGenBank(GenBanK:KF972468.1,andshowedhighidentitywithothermushrooms,whichwasprovedtobegpdpromoter,andtheseoughttopavethewayforthestudyoffunctionalgene,transformation,andsoon.Keywords:Lentinusedodes;Promoter;Transformation香菇(Lentinusedodes是世界上最主要的食用菇类栽培品种之一,在食用菌的产量构成中占有重要地位,由于其味美质嫩和具有增强人体免疫功能的特殊作用,已成为全球性备受欢迎的功能食品[1]。GPD(Glyceraldehyde-3-phosphatedehydrogen-ase基因是糖酵解途径和葡糖异生作用中的一个关键酶基因。gpd启动子是一段位于GPD基因5’端上游区的DNA序列,包含负责GPD基因表达起始和调控的重要顺式作用元件。启动子与RNA聚合酶以及其它蛋白辅助因子等反式元件的相互作用是启动子起始和调控模式的实质[2]。自20世纪80年代以来至今,有不少关于gpd启动子调控功能研究的报道。在食用菌领域,已克隆得到了香菇[36]、姬松茸[7]、金针菇[89]、草菇[1012]、灰树花[13]、鸡腿菇[2]、银耳[14]gpd启动子,并对研究的启动子功能进行了预测分析及实验验证,为食用菌的基因转化等研究提供了重要参考。在前期工作中,实验从香菇L26菌株中克隆得到了gpd启动子序列,发现与现有文献报道的香菇gpd启动子序列存在较大差异,为了具体研究其结构和功能,实验对该序列的顺式调控元件、CpG岛及与其它食用菌的系统发育关系作了分析,拟为香菇等食用菌的遗传转化、功能基因发掘等研究提供依据。1材料与方法1.1材料1.1.1供试菌株供试菌株香菇L26,源自四川省3172015年28卷2期Vol.28No.2西南农业学报SouthwestChinaJournalofAgriculturalSciences农业科学院土壤肥料研究所。1.1.2培养基液体培养基:麸皮15g、蔗糖20g、蛋白胨2g、酵母粉2g、KH2PO41g、MgSO40.5g、琼脂21g、水1000mL固体培养基:液体培养基基础上加琼脂21g/L。1.1.3试剂本试验TaqDNA聚合酶、dNTP购自MBIFermentas公司,gpd启动子上、下游引物由生工生物工程(上海有限公司合成,pEASY-T1载体购自全式金生物技术有限公司。1.2方法1...

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