使命召唤7完整故事情节本作的剧情跨越时间为1961年~1968年，另外有一关雷泽诺夫的回忆，控制雷泽诺夫与迪米特里并肩作战，时间是1945年（二战关卡）。二战后期，第三帝国意识到战败已成定局，于是开始研究“非常规方案”，之后代号为Nova6的研究计划启动，由生化博士弗里德里希·斯坦纳（Dr.FriedrichSteiner）带队的纳粹科学家（其中有一位叫克拉克的化学工程师）成功研制出一种毁灭性的大规模杀伤性毒气，纳粹甚至已经计划好通过V2导弹和毒气对盟国发动袭击，准备先对华盛顿和莫斯科下手。幸运的是，在这千钧一发的时刻，运载毒气的货轮在北极圈附近遭到英军轰炸而搁浅了，更倒霉的是，德军还没来得及回收毒气，盟军就已经攻陷了柏林，元首希特勒自杀，德国投降了，这样一来毒气已经没有了存在的必要。德军曾暗中派遣一支SS党卫军部队随舰保护，并准备万一货轮遭到袭击就销毁毒气。但是斯坦纳博士是个有野心的人，他不甘心就这么结束，于是他暗中联系了苏军某军官德拉格维奇（Dragovich，本作头号Boss）。于是，苏军计划了一次“奥林匹斯行动”（operationolympus）。剧情按时间线编排1945年10月29日，德拉格维奇和他的副官克拉夫琴科（Kravchenko，本作第二号Boss）带领苏军第三突击集团军（3rdshockarmy）突袭货轮残骸，在这次行动中，原5代的苏军战役主角迪米特里·彼得连科和维克多·雷泽诺夫（DimitriPetrenko和ViktorReznov，迪米特里就是5代中苏军关卡玩家控制的角色，而雷泽诺夫就是在苏军关卡和迪米特里并肩作战的老头）也参加了这次行动。（5代中苏军最后一关，迪米特里和雷泽诺夫攻入柏林国会大厦，迪米特里在胜利的最后关头中了冷枪，但最后仍坚持把苏联国旗插上国会大厦楼顶，之后这两位在没有返回苏联本土的情况下就又被分配到第三突击集团军，参加了这次行动，而德拉格维奇和克拉夫琴科正是当年德军围攻斯大林格勒时临阵脱逃的两个指挥官。）行动非常顺利，在德拉格维奇、克拉夫琴科、迪米特里、雷泽诺夫的带领下，苏军很快突入德军内部，找到了斯坦纳博士，然后顺利拿到了毒气（毒气没有来得及被党卫军销毁）。这时，德拉格维奇想试试毒气的威力，同时主要也是为了排除身边的反对派，于是将雷泽诺夫和迪米特里的部队逮捕。之后就在那个货船中，迪米特里在密闭舱里被毒气毒死，死状极惨，而在雷泽诺夫要被毒死的时候，英军特种部队杀到（应该是来抢毒气的），德拉格维奇和斯坦纳等人立刻撤走，而雷泽诺夫和几个幸存的弟兄在混乱中从英军和苏军之间杀了出来，同时为了不让任何一方得到Nova6，雷泽诺夫将货轮炸沉，但是斯坦纳博士还活着，毒气并没有完全消失。之后雷泽诺夫被德拉格维奇抓获，强行关入了沃尔库塔（Vorkuta）集中营。1961年4月17日，美国对古巴发动猪湾行动（即历史上的“吉隆滩之战”），游戏中的剧情和历史不同，CIA特工亚历克斯·梅森（AlexMason，本作主角）和队友伍兹（Woods）、鲍曼（Bowman）组成了代号40的小组奉命刺杀古巴共产党领袖菲德尔·卡斯特罗（FidelCastro）。行动非常顺利，三人顺利杀入卡斯特罗官邸内部，梅森亲手杀死卡斯特罗，之后三人顺利登上逃亡的飞机，但是在飞机因机场跑道被敌人用车辆堵塞而无法起飞，梅森毅然跳下飞机利用路边的防空炮击毁路障，飞机顺利起飞逃走，但梅森却被古巴共产党抓获。梅森醒来后，发现自己在海边，旁边有一艘写有RUSALRA的大货轮（这实际上就是德拉格维奇发布广播的秘密通讯基地），而卡斯特罗竟活生生站在自己面前，另外还有德拉格维奇和克拉夫琴科。通过他们的谈话得知，卡斯特罗早已知道CIA的刺杀计划，梅森杀死的只不过是个替身，之后卡斯特罗将梅森当做“礼物”交给德拉格维奇，并请德拉格维奇折磨他。梅森被送到了沃尔库塔集中营，在这里德拉格维奇和斯坦纳博士似乎有另一个秘密研究，他们对某些犯人进行洗脑，让其为自己服务。由于梅森本就是CIA特工，很适合拿来作杀人工具，于是被他们实施了洗脑，灌输了刺杀美国总统肯尼迪的命令，同时还在大脑里植入了一套密码破译程序。但是梅森具有超强的意志，对德拉格维奇的命令并没有很明确的反应，于是判定对他的洗脑失败了，斯坦纳博士放弃了...