大林姬鼠和黑线姬鼠肠道菌群的比较与分析张春凤苏航周思宇杨文建于成文金志民摘要：为了探究大林姬鼠和黑线姬鼠肠道微生物的组成及是否有显著差异，采用高通量测序技术对10只大林姬鼠和10只黑线姬鼠的肠道菌群的组成进行了初步分析，并比较两组之间肠道菌群的差异。结果表明，两种鼠的肠道菌群在门水平上以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门为主。在属水平上，大林姬鼠的优势菌属为unidentified-Muribaculace、unidentified-Lachnospiraceae、螺杆菌属，黑线姬鼠的优势菌属为unidentified-Lachnospiraceae、unidentified-Muribaculace、乳杆菌属。Anosim分析结果表明，大林姬鼠与黑线姬鼠肠道菌群的组间差异大于组内差异，且两组间肠道菌群差异极显著（P<0.01）。本研究结果为防治农林有害微生物和有效评估鼠类疾病传播风险提供基础微生物数据。关键词：大林姬鼠;黑线姬鼠;肠道菌群;16SrDNA;高通量测序：Q95：ADOI编码：10.3969/j.issn.1006-6500.2022.03.003ComparisonandAnalysisoftheIntestinalFloraofApodemuspeninsulaeandApodemusagrariusZHANGChunfeng1，SUHang2，ZHOUSiyu2，YANGWen激an2，YUChengwen2，激NZhimin2（1.Heilong激angAgriculturalEconomyProfessionalCollege，Mudan激ang，Heilong激ang157041，China;2.SchoolofLifeScienceandTechnology，Mudan激angNormalUniversity，Mudan激ang，Heilong激ang157011，China）Abstract：ToinvestigatethecompositionofintestinalmicroorganismsofApodemuspeninsulaeandApodemusagrariusandwhetherthereissignificantdifference，thecompositionofintestinalfloraof10A.peninsulaeand10A.agrariuswaspreliminarilyanalyzedbyhigh-throughputsequencingtechnique，andthedifferenceofintestinalflorabetweenthetwogroupswascompared.Theresultsshowedthat，atthephylumlevel，theintestinalfloraofthetwospeciesofratswasdominatedbyFirmicutes，BacteroidetesandProteobacteria.Atgenuslevel，thedominantgenusofA.peninsulaewasunidentified-Muribaculace、unidentified-Lachnospiraceae、Helicobacter，thedominantgenusofA.agrariusisunidentified-Lachnospiraceae、unidentified-Muribaculace、Lactobacillus.TheresultsofAnosimanalysisshowedthattheinter-groupdifferencesinintestinalfloraofA.peninsulaeandA.agrariusweregreaterthantheintra-groupdifferences，andthedifferencesinintestinalflorabetweenthetwogroupswereextremelysignificant（PKeywords：Apodemuspeninsulae;Apodemusagrarius;intestinalflora;16SrDNA;high-throughputsequencing大林姬鼠（Apodemuspeninsulae）和黑線姬鼠（Apodemusagrarius）同属哺乳纲（Mammalia），啮齿目（Rodentia），鼠科（Muridae），姬鼠属（Apodemus），分类地位较为相近[1]。二者是我国农林地区的优势鼠种，形态外观相似，黑线姬鼠在体背面通常有一条显著的黑色纵纹，在取食倾向与栖息地选择上也有较大重叠[2-3]。目前，关于两种鼠在生态以及生理生化方面研究较多[4-6]，但关于两种鼠肠道菌群的组成及二者的差异报道还尚不充足。微生物遍布在各种环境中，包括动物体表和体内，它们与其宿主互惠互利，密不可分，这种内在关联在动物肠道中表现的最为明显[7]。肠道微生物可以参与宿主的多种代谢途径，也被认为是另外的一种代谢器官，类似于肝脏[8]。肠道菌群是肠道微生物中的占比最大的组成部分，对宿主的生长和发育等许多方面起着重要作用，是宿主动物生存和适应环境的关键[9-11]。本文通过高通量测序技术研究大林姬鼠和黑线姬鼠肠道菌群的物种组成并对菌群功能进行预测，对两种鼠的数据进行比较分析，为探究影响肠道菌群组成的因素提供基础的微生物学数据，对有效防治农林有害微生物和评估鼠类疾病传播风险有重要参考价值。1材料和方法1.1样品的采集与保存采用笼捕法，在黑龙江省牡丹江市横道河子国家自然保护区（海拔460～600m，44°44′～44°55′N，129°06′～129°15′E）内获得样本。选择健康成年大林姬鼠和黑线姬鼠各10只，雌雄各半，进行编号，如表1所示。在实...