城都篇熟悉又贴切的大木博士再度出现在我们的面前。经过开场的介绍，以及人物的选择我们重新回到城都联盟！下楼与妈妈对话完毕后就可以查看自己的背包、训练卡、以及保存和设置了走出家门，呼吸着若叶镇新鲜的空气，一只可爱的玛丽露迎面跑向主角。呀，原来是副主角的宝贝哦~看着它幸福地跟着主人离开……回归正题，来到博士研究所，与我们的空木博士调侃一番后，该选择我们旅行的神奇宝贝搭档了。离开时博士的助手赠送主角5个伤药。回家向妈妈道别，并且获得口袋手表。然后我们就应该朝西边的29号道路出发吧！临行前空木博士将自己的电话号码告诉主角。29号道路可获得伤药。通过29号道路到达吉野市，在一位老爷爷的引导下，大致了解了这座城市。随后从老爷爷那里获得跑鞋，按B键可以奔跑。在朝30号道路行进时，老爷爷过来将地图功能加入到主角的手表。30号道路可获得伤药，路途的房屋里的男子对话可获得ぼんぐりケース柑果盒，此后即可在柑果树上采摘柑果了。由于左边道路有两个小孩子在对战，先向右边的小道前行，进入房屋遇见大木博士，随后他身边的男子给予主角ふしぎなタマゴ不可思议的蛋，并从博士那获得神奇宝贝图鉴后离开。出门接到空木博士电话，要求速速返回。在返回的途中遭遇红发少年，并向主角发起了挑战！回到研究所得知神奇宝贝被盗，POLICE录完笔录后，给犯罪的红发少年起名字。并将之前获得的不可思议的蛋交给博士。在29号道路路口，与带着玛丽露的副主角相遇，他会细心的教你捕捉神奇宝贝，并且给予5个宝贝球。此时原先挡在30号道路的两个男孩已经散开。从现在开始每遇到一个训练员，在对战结束后对方都会有一定几率要求登记电话号码，登记的话今后他则可能拨电话找主角再次挑战。31号道路可获得伤药、宝贝球。接下来就是桔梗市，玄关处又遇见副主角，然后获得对战记录器。桔梗市左下方的民房内的男子，可用喇叭芽与他交换大岩蛇。接下来走过架设在河岸的拱桥来到喇叭芽塔。喇叭芽塔内训练师的神奇宝贝主要都是喇叭芽，可获得的道具为麻痹药、命中胶囊、伤药、穿洞绳。来到顶层，遇见红发少年，看起来似乎被打败了？QUOTE:喇叭芽塔主持神奇宝贝：Lv7喇叭芽、Lv7喇叭芽、Lv10咕咕。胜利奖励：TM70-闪光恢复一下体力准备挑战桔梗道馆，该道馆使用的为飞行系神奇宝贝。QUOTE:馆主-阿速〇神奇宝贝：LV9波波：撞击+扔沙LV13比比鸟：羽休+撞击+起风〇胜利奖励：飞翼徽章、TM51-羽栖离开道馆时接到博士的电话，要求到旁边的商店找他的助手，与他对话可获得一个神奇宝贝蛋。出门与一名舞姬对话后，向左边的36号道路前行，与胖子对话获得HM06-碎岩。由于左边道路被胡说树阻挡，所以先通过未知图腾遗迹来到32号道路。路上一位大叔会送给主角奇迹种子，道路上还可获得驱虫剂、TM09、超级球。32号道路神奇宝贝中心内的垂钓者那可获得破旧的钓竿。进入山洞隧道，1F可获得物攻胶囊、超级球、清醒药，2F可获得TM39、防御胶囊。穿过山洞和33号道路，即将到达桧皮镇时，在呆呆兽井处遇见一名大叔与火箭队成员在争执。先前往桧皮镇左上方的房屋，与制作宝贝球的达人—钢铁先生对话，说完钢铁先生就冲出了房外去找火箭队的人了。此时来到之前被挡住的呆呆兽井，消灭里面的火箭队成员后钢铁先生也赶到了，为了感谢主角拯救了呆呆兽井，钢铁先生答应以后可以为主角用圆柑果制作宝贝球。接下来准备挑战桧皮道馆，该道馆使用的为昆虫系神奇宝贝。从这个道馆开始就会有相关机关的设置。先走左边的蜘蛛机关；然后再从中间直接坐着蜘蛛机关到左边蓝色遥杆处，按下蓝色遥杆再返回。最后将红色遥杆按下即可到达馆主那里。QUOTE:馆主-阿笔〇神奇宝贝：Lv17飞天螳螂蜻蜓返+蓄气+电光石火+瞪眼Lv15铁甲蛹撞击Lv15铁壳昆毒针〇胜利奖励：昆虫徽章、TM89-蜻蜓返告别桧皮镇，朝着桐树林进发！不过在那之前还要收拾掉红毛小子。使用神奇宝贝为：Lv14鬼斯、Lv16超音蝠、Lv18初始精灵进入桐树林。遇到一名男孩，他请求主角帮忙找回他的大葱鸭。需要捕捉两只大葱鸭，而且必须要绕到它的身后才能抓住！另外要特别说明的是，踩到树林地上的枯枝时会被它觉察，可以利用这个要素引开它的注意。具体方法是：...