基于SLAFseq技术的烟草抗CMV主效QTL定位潘旭浩程立锐陈小翠蒋彩虹任民杨爱国摘要：烟草花叶病（CMV）是烟草主要病害之一，筛选与CMV抗病QTL紧密连锁的分子标记是烟草抗病分子育种的重要部分。本研究以抗病材料台烟8号和感病材料NC82为亲本，获得BC1群体，构建抗、感池。采用BSA和SLAF-seq技术开发CMV抗病相关SNP分子标记，共获得180370个SLAF标签，经分析后获得6156个多态性SNP标记。利用SNP-index分析方法，发现两个与CMV抗病高度关联的区域。利用这些分子标记成功定位到了两个CMV抗病相关QTL，其中一个QTL定位于Chr01上的55.72～60.44Mb区间内，区间大小为4.72Mb；另一個则定位于烟草Chr18上的44.21～48.70Mb区间内，区间大小为4.49Mb。在关联到的QTL区间内设计分子标记可以用于烟草抗CMV育种的辅助选择。关键词：烟草；CMV抗性；QTL；SALF-seq：S572.03：1007-5119（2018）05-0001-08DOI：10.13496/j.issn.1007-5119.2018.05.001Abstract：Cucumbermosaicvirus（CMV）isoneofmostimportantdiseasesintobacco，andselectionofmolecularmarkerscloselylinkedtoCMVresistantQTLsisakeyfortobaccoCMV-resistancebreeding.InordertoidentifygenescloselylinkedtoCMVresistanceanddevelopresistantvarieties，aBC1populationderivedfromresistant-parentTaiyan-8andsusceptible-parentNC82wasusedtoconstructresistantandsusceptiblepools.ByapplicationofBSAandSLAF-seqtechnique，atotalof180，370SALFlabelswereobtainedand6，156polymorphicSNPmarkersweredeveloped.Asaresult，twoCMV-associatedregionswereidentifiedbyanalysisofSNP-indexdata.OurresultsshowedthatabundantpolymorphicSNPscanbedevelopedbetweentobaccovarietiesusingSALF-seq.ByutilizationoftheseSNPs，twoCMV-resistanceQTLsweresuccessfullyidentifiedinChr01andChr18，with4.72Mband4.49Mbinterval，respectively.ThetwoidentifiedQTLsareusefulforinmolecularmarkerassistedselectionintobaccobreedingprogramsforCMVresistance.Keywords：tobacco；CMVresistance；QTL；SLAF-seq黄瓜花叶病毒病（Cucumbermosaicvirus，CMV）是一种病毒性病害，在烟草中主要经由蚜虫或汁液摩擦进行传播，感病后主要表现为烟叶花斑、叶片卷曲，严重时直接影响烟株发育，导致烟叶产量、质量下降。其流行速度快，发生范围广，是我国发生最为普遍、危害最大的烟草病害之一。目前生产上对烟草CMV防治主要还是以化学防治为主，不仅浪费人力，增加种植成本，而且对于环境也会造成不利的影响，因此，培育CMV抗病品种一直被认为是防治CMV的有效手段。但是由于烟草CMV抗性由多基因控制[1]，高抗病的种质资源缺乏，通过常规育种手段选育抗病品种的耗时长，效果差。因此开发与抗病基因紧密连锁的分子标记，通过分子标记辅助育种可以加快培育烟草抗CMV品种的进程，提高育种效率。前人关于CMV抗病的研究多集中在辣椒[2-3]、黄瓜[4-5]等作物上。由于烟草遗传背景狭窄[6]，可利用的传统分子标记数量少，多态性差，关于烟草CMV抗病QTL（Quantitativetraitloci，数量性状基因座）的研究较为滞后。目前，仅有少量与烟草CMV抗病QTL相关的文献发表，范静苑等[7]构建了烟草BC1群体，并基于混合群体分组分析法（BSA）对CMV抗病基因进行了初步定位，获得了两个和CMV抗性基因连锁的标记SM1350和SM2270；文柯等[1]在烟草上对BC1群体进行QTL基因定位，找到了一个与抗性QTL紧密连锁的标记53735，遗传距离为0.1cM，该QTL位于10号连锁群，贡献率为13%。目前发表的烟草抗CMV分子标记无论从数量还是准确性上，离实际应用分子标记进行辅助育种仍有很大距离。简化基因组测序（SpecificLengthAmplifiedFragmentSequencing，SLAF-seq）技术是以生物信息学为基础的高度自动化高通量测序技术[8]，其具有可重复性高，测序时间短，获取信息量大，可利用多态性SNP标记多等重要特点，可以有效克服烟草遗传背景狭窄，传统多态性标记缺乏的缺点，利用该技术有望对烟草CMV抗病基因进行精细定位。本研究在前人研究基础上，基于390个BC1单株接种CMV后鉴定结果，构建抗病...