一种高速精确单模式串匹配算法_图文

万方数据万方数据万方数据万方数据万方数据1346计算机研究与发展2009,46(8)/*匹配阶段*/while(1)matchshift;)elsereturn;}{D=B[T[户os一1]]&(B[丁[户os]]<<1);while(D====0、pos+=m.\|*S2BND——Mt*{{户05+一m一1;DB[-T[pos--1]]&Jm一2;D<<一1;户os一一2;D&.一(B[T[加s]]《1);}/*startloop*/6实验数据本文实验平台为IntelE2160OC2.7BET[pos-I];while(D)GHz/2GRAM/gcc3.4.2(一03优化).待匹配戈本为Holy—bible.txt(4.22MB)和E.coliDNA序列(EscherichiacoliK一12{D<<一1;J一一;户os一一;D&一BET[pos]-I;、|*matchloop*lif(j一一0)MGl655,4,639,221bp).对每种模式长度,本实验在文本中随机抽取100个串作为样本.考虑到本实验精度要求较高,使用误差为50个时钟的RDTSC指令进行计时.为避免磁盘影响实验结果,所有文本已读入内存.我们只对匹配过程进行计时,测试不同算法在不同匹配条件下的实际匹配速度,单位为GBps.本文选取以下算法作为对比算法,这些算法均S2BNDM*|为目前最为常用的算法和匹配性能最高的算法:1)暴力匹配(BF);2)Horspool[14](HORS);3)Tunedissamewith{if(pos<一n—m){matchtime++;pos+=matchshift;}elsereturn;}户05+=’m.、|*S2BNDM*|算法3.S2BNDM算法.|*Preprocessing|*searching*|intposl;while(1)BM(TBM,展开字符数为3,字符出{D—BETEpos--1]]8L(B[T[户05]]《1);while(D==0、现频率表来自文献[15]);4)SBNDM;{户Ds+=m一1;D—B[T[户Ds一1-1-1&(B[T[户os]]《1);}/*startloop*/5)SSABS(一种BM类简化算法);6)NEw(在小字符集和长模式下目前最快算法之一,在本实验环境下测得3个字符循环展开的NEW3几乎总是性能最好的,这里只列出NEW3的数据);下目前最快算法之一).以上算法具体实现来自于文献[16]或者原作者的相关文献,实验对比数据如表1和表2.on一posl=po¥--m;D<.<一1;夕Ds一一2;D&=Br_T[-pos-I-I;while(D){户os一一;D<r<一1;D&=B[-T[pos]];)7)SBNDM2(在模式长度小于30时英文语料l*matchloop*|if(户os一一posl){if(pos<="一m){matchtime++;pos+一Table1MatchingSpeedAgainstPatternLength(charactersJ表lDNA,SequenceGBpsSBNI)M2OOOO11115726638179O2O552445Z07401DNA序列中各模式长度下的匹配速度SSA}jS0.314.0.5100.4350.412O.4570.433O.4410.4790.490E.coli468BFO.157O.156O.154O.156O.1560.1560.158O.1580.156H()RS0.2880.3460.4480.3960.4390.4070.3830.4250.479TBM0.4120.5100.6600.6030.676O.6170.5780.6570.722SBNDMOOOOO11l314438549665799O1533O464NEWOOOlll22S2BNDMOOOO1115967289O1998l62387691927S2BNDM0OOllllZ5∞9672590...

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