位于可变内含子区域MicroRNA的特征分析撰写时间：202X年XX月XX日---本文来源于网络，仅供参考，勿照抄，如有侵权请联系删除---马名阳安雯雯景芙蓉周学摘要MicroRNA（简称miRNA）是一类长度为22nt的编码小分子RNA，在基因表达调控中发挥重要作用。miRNA在基因组中存在位置偏好性，一部分miRNA位于基因间区，而另一些miRNA基因位于蛋白质编码基因的内含子中，少数位于外显子中，称之为基因内miRNA。可变剪接（也称选择性剪接，alternativesplicing，AS）是指对同一基因的mRNA前体的不同剪接方式，即一种基因能产生多种mRNA。研究发现，miRNA与基因的选择性剪接密切相关，有些miRNA位于基因的可变剪接区域。论文利用生物信息学方法对位于可变剪接区域miRNA特征进行分析。AbstractMicroRNAs（miRNAs）areendogenousnoncodingRNAswithabout22nucleotidesinlength，andplayimportantroleingeneexpressionregulation.MiRNAshaveafavorablepositioninthegenome.SomemiRNAsarelocatedinintergenicregions，whileothersarelocatedinintronsofprotein-codinggenes，andafewarelocatedinexons，whicharecalledintracellularmiRNAs.Alternativesplicing（alternativesplicing，AS）referstodifferentsplicingoftheprecursormRNAofthesamegene，thatisonegenecanproducemultiplemRNAs.MiRNAshavebeenfoundtobecloselyrelatedtotheselectivesplicingof---本文来源于网络，仅供参考，勿照抄，如有侵权请联系删除---genes，withsomemiRNAslocatedinthevariablesplicingregionofgenes.ThispaperanalyzesthecharacteristicsofmiRNAlocatedinthevariablesplicingregionbybioinformaticsmethod.关键词MicroRNA;可变剪接;特征;生物信息学KeywordsMicroRNA;alternativesplicing;characteristic;bioinformatics中图分类号Q-33文献标志码A文章编号1673-1069（2021）01-0156-021引言选择性剪接是指对同一基因的mRNA前体的不同剪接方式，即一种基因能产生多种mRNA。基因的选择性剪接主要包括以下几种形式：①外显子跳跃（exonskipping）;②选择性5或3可变剪接（alternative5or3splicing）;③互斥外顯子（mutuallyexclusionexons）;④内含子保留（intronretention）;⑤选择性起始（alternativeinitiation）;⑥选择性终止（alternativetermination）等。选择性剪接增加了蛋白质的多样性和基因表达的复杂程度，对基因表达的精细调控、细胞分化与组织发育、凋亡等方面都起着重要的作用1，并且与生物进化也息息相关2，在复杂的生命现象中发挥着重要作用。越来越多的研究发现选择性剪接还与人类健康与疾病关系密切3。MicroRNA（简称miRNA）是一类长度为21～25nt，主要通过---本文来源于网络，仅供参考，勿照抄，如有侵权请联系删除---作用在靶标基因mRNA的3端非编码区（3UTR）抑制蛋白质翻译或降解mRNA，从而发挥重要的调控功能4。研究表明，miRNA参与生命过程中一系列重要的进程，在控制发育过程、细胞增殖和凋亡、器官发育、心血管发育、免疫细胞形成等过程中都起着重要的作用。miRNA在基因组中分布存在位置偏好性，部分miRNA基因分布于基因组中的基因间区（intergenicregion），而另一些miRNA基因位于蛋白质编码基因的内含子中，少数位于外显子中，称之为基因内miRNA（intragenicmiRNA）。迄今为止，已有不少研究成果显示，miRNA与基因的选择性剪接密切相关。2材料与方法2.1数据收集miRNA序列及位置信息从miRBase数据库（Release19）下载获得。基因可变剪接位置信息通过检索Ensembl和UCSC数据库获得。2.2可变剪接区序列特征分析利用在线OligoCalc程序对含有miRNA的内含子或外显子的GC含量进行预测和统计，同时计算miRNA序列的GC含量作为比较。利用CpGi130和CpGProD程序对内含子/外显子序中CpG岛进行预测。从UCSC数据库Tablebrowser程序获取序列SNP信息，miRNA上分布的SNP位点利用miRNASNP程序预测。2.3可变剪接区剪接调控功能元件预测利用FAS-ESSwebserve、ESEfinder等软件对可变剪接区域参与的剪接调控的功能元件及作用的剪接因子进行预---本文来源于网络，仅供...