凤鲚ITS1和Cyt6基因序列的比较研究孙超"刘洪波@姜涛$杨健①南京农业人学无锡浼业学院无锡214081；②中国水产科学研究院淡水渔、Ik研究屮心，屮国水产科学研究院内陆渔业生态环境与资源重点开放实验室无锡214081摘要：风鲚足长江口蜇要的经济鱼类。本文酋次比较分析了分子标记核DNAITS1序列和Cyt基因序列在风鲚遗传多样性分析和风鲚与其它鲚属鱼类(以刀鲚为例)叫亲缘关系研究中的特征。结災发现其ITS1序列的GC含量(71.19%)ffi荠高于Cyt/?基闪序列(42.96%),FTS1序列的单倍型多样性(0.900)和核苷酸多样性(0.00997±0.01116)也著高-fCyt/?蓝冈序列(0.400/0.000369±0.000469)。趑于1TS1序列所得的风鲚与刀鲚间的MCL和K2P遗传距离川’明确区分这两种鲚属负类，与Cyt/7基因序列的结果扣一致。通过ML和UPGMA系统树的构建发现，风鲚和力鲚分别形成独立的分支。本研究显示ITS1序列与Cyt/)基因序列所得结來-•致性较好，可考虑将ITS1序列作为风鲚的遗传多样性分析及其与其它鲚屌鱼类间亲缘关系研究中有效的分子标记。关键词：ITS1；遗传多样性；风鲚；亲缘关系中图分类号：Q953ThecomparativestudybetweenITS1sequenceandCytbgenesequenceinCoiliamystusSUNChao°,LIUIIong-bo®,JIANGTao°,YANGJian®012①WuxiFisheriesCollege,NanjingAgriculturalUniversity,Wuxi214081，China;②KeyOpenLaboratoryofEcologicalEnvironmentandResourcesofInlandFisheries,FreshwaterFisheriesResearchCenter，ChineseAcademyofFisherySciences,Wuxi214081，ChinaAbstract：CoiliamystusisaveryimportanteconomicfishinYangtzeRiverestuary.ThroughcomparisonwithCytbgenesequence，thisstudypresentedthefirstinvestigationtorevealITS1sequencecharacteristicsanditspotentialutilizationforgeneticdiversityandkinshipmeasurementsforthisspeciesandotherCoiliaspecies.TheresultsindicatedthattheGCcontentofITS1sequence(71.19%)washigherthanCytbgenesequence(42.96%).Also,thehaplotypeandnucleotidediversityofITS1sequence(0.900/0.00997土0.01116)washigherthanthatofCytbgenesequence(0.400/0.000369土0.000469).BothMCLandK2PgeneticdistancesofITS1wereatinterspecieslevelbetweenC.mystusandC.nasus,whichwerecoincidentwiththoseofCytgenesequences.TheMLandUPGMAtreesconstructedwithITS1sequencesandCytbgenesequencessuggestedthatC.mystusandC.nasusformedtheseparatemonophyleticgroups，respectively.Hence,theconsistencyofanalysesresultsbetweenITS1sequenceandCytbgenesequenceweregood，sotheITS1sequencecouldbeusedasagoodgeneticmarkerforgeneticdiversityandkinshipmeasurementsforC.mystusandotherCoiliaspecies(e.g.C.nasus).Keyword:ITS1;geneticdiversity;C.mystus;kinshipanalysis凤赂(Coiliamystus)属鲱形目(Clupeiforms),媛科(Engraulidae),鲂属(Coilia),为长江口的一种重要1基金项目屮国水产科学研究院基本科研业务费专项课题(2012A0201);国家H然科学基金(30871920)；2通讯作者，E-mail：jiany@ffrc.cn;第一作者介绍孙超，女，硕.1:研允zl•:;研允力'昀：漁业态环境监测与保护；E-mail：sunchao159@126.com。收稿日期，，修冋曰期：的经济负类，佴由于环境污染和过度捕捞等因素的危害，H前资源景己显著卜_降［1］。为了奋效地保护其物种多样性特征和种质资源，M时开发一些重耍的资源管理的技术手段(如色卵、仔幼鱼的鉴定等)，旮必要利川重复性好，灵敏度高的分子生物学方法［2］,开展风鲚遗传多样性及与其它鲚属负类间的亲缘叉系等方而的基础研究。分子标记的选择对于研究物种内的遗传多样性以及近緣种间亲缘关系起卷关键性的作川。其屮广受欠注的基因间内转录1区(ITS1),是编码核糖体RNA(rRNA)基因中的一部分［3］,也是基因组中变异性较人的序列之•-，乂由于其两端的rRNA编码区的保守性，能较界易地被扩增和验证［4］;因此被认为很适合于近缘种间的亲缘欠系研究［5］和物种内的遗传多样性分析。R前，该序列已应用于多种水生生物的遗传学特征的研究十［6_7］,似在鲚...