中华猕猴桃WO转录因子的生物信息学分析

中华猕猴桃WOX转录因子的生物信息学分析付春黄春莉江纳杨瑶君---本文来源于网络,仅供参考,勿照抄,如有侵权请联系删除------本文来源于网络,仅供参考,勿照抄,如有侵权请联系删除---摘要:WOX基因家族是植物特有的一類转录因子,在植物发育关键时期,如胚的形成、维持干细胞稳定性和器官形成过程中发挥重要调控作用。为探究WOX---本文来源于网络,仅供参考,勿照抄,如有侵权请联系删除---转录因子调控中华猕猴桃的生长发育的分子理论基础,该文利用ProtParam、Cell-PLoc2.0、SignalP4.1Server等在线软件对中华猕猴桃的16个WOX转录因子进行理化特性、亚细胞定位和信号肽等详细的生物信息学分析。结果表明:(1)中华猕猴WOX转录因子的所有蛋白成员的氨基酸数目在138~371之间,分子量为16.222~42.185kD,均定位于细胞核的不稳定亲水蛋白。(2)中华猕猴桃的16个WOX蛋白成员均属于Homodomain超家族,仅Achn362451是分泌蛋白,且仅Achn362451和Achn141001具有跨膜区。(3)大部分WOX蛋白成员的潜在磷酸化位点都位于丝氨酸处。(4)其二级结构主要以无规则卷曲为主,其次为α-螺旋。(5)保守基序分析结果表明中华猕猴桃的16个WOX蛋白成员均含有motif1。(6)系统进化分析结果表明中华猕猴桃与菠萝的亲缘关系最近,与番茄的亲缘关系最远。(7)在中华猕猴桃果实成熟过程中不同时期的转录组分析结果表明其WOX基因家族中4个成员Achn131681、Achn145561、Achn336591、Achn362451基因在授粉后20、120、127d表达含量都较高,其他12个WOX基因成员表达含量低甚至不表达。该研究为进一步研究中华猕猴桃WOX转录因子在其生长发育过程中的分子机理提供了一定的参考依据。关键词:中华猕猴桃,WOX,转录因子,基因家族,生物信息学分析:Q943.2文献标识码:A:1000-3142(2021)09-1561-15Abstract:WOXgenefamilyisakindoftranscriptionfactorpeculiartoplants,andplaysanimportantregulatoryroleinthecriticalstagesofplantdevelopment,suchasembryoformation,stemcellstabilityandorganformation.InordertoexplorethemolecularbasisofWOXtranscriptionfactorsregulatingthegrowthanddevelopmentofActinidiachinensis,thephysicalandchemicalcharacteristics,subcellularlocalizationandsignalpeptideof16WOXtranscriptionfactorsinA.chinensiswereanalyzedbyProtParam,Cell-PLoc2.0,SignalP4.1Serveronlinesoftwareindetailinthisstudy.Theresultswereasfollows:(1)TheaminoacidnumberofallproteinmembersofWOXtranscriptionfactorsinA.chinensisrangedfrom138to371,withmolecularweightrangingfrom16.222to42.185kD,allofwhichwereunstablehydrophilicproteinslocatedinnucleus.(2)The16WOXproteinmembersofA.chinensisbelongedtoHomodomainsuperfami---本文来源于网络,仅供参考,勿照抄,如有侵权请联系删除---ly,onlyAchn362451wassecretedprotein,andonlyAchn362451andAchn141001hadtransmembraneregions.(3)ThepotentialphosphorylationsitesofmostWOXmemberswerelocatedinserinesite.(4)ThesecondarystructureofWOXproteinswasmainlyrandomcoil,followedbyα-helix.(5)Conservativemotifsanalysisresultsshowedthatall16WOXproteinmembersofA.chinensiscontainedmotif1.(6)PhylogeneticanalysisresultsshowedthatthegeneticrelationshipbetweenA.chinensisandAnanascomosuswastheclosest,andthatbetweenActinidiachinensisandSolanumlycopersicumwasthefarthest.(7)TheresultsoftranscriptomeanalysisindifferentstagesoffruitripeningprocessofActinidiachinensisshowedthatfourmembersoftheWOXgenefamily,Achn131681,Achn145561,Achn336591,Achn362451,werehighlyexpressedon20,120,127dafterpollination,whilethoseoftheother12WOXgenememberswereloworevennotexpressed.ThisstudyprovidesareferencebasisforfurtherstudyonthemolecularmechanismofWOXtranscriptionfactorsin...

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