FoxO1-DA复合物的分子动力学模拟研究

FoxO1-DNA复合物的分子动力学模拟研究万华+常珊摘要:采用分子动力学分别模拟了FoxO1和两个不同的DNA序列IRE-DNA、DBE-DNA结合形成的复合物结构。6ns的分子动力学模拟结果表明,FoxO1/DBE-DNA系统较FoxO1/IRE-DNA系统更稳定,和试验中活性测试结果一致。两个系统的氢键计算显示,DBE-DNA在碱基Thy2、Gua3和Thy7′上和FoxO1形成了更多的高占有率的氢键,使得DBE-DNA和FoxO1结合得更加紧密。通过比较DNA构象参数,揭示了DNA序列在5′端小沟的压缩以及3′端大沟的扩张是有利于和FoxO1结合的优势构象。为从原子水平上理解FoxO1的调控机理提供了一定的理论依据。关键词:FoxO1;DNA;分子动力学模拟;大沟;小沟:Q51;Q52文献标识码:A:0439-8114(2014)09-2184-05MolecularDynamicsSimulationsoftheFoxO1-DNAComplexesWANHua,CHANGShan(CollegeofInformatics,SouthChinaAgriculturalUniversity,Guangzhou510642,China)Abstract:Moleculardynamics(MD)simulationswereusedtostudytwocomplexstructuresofFoxO1bindingwithtwodifferentDNAelementsIRE-DNAandDBE-DNA,respectively.Theresultsof6nsMDsimulationsshowedthattheFoxO1/DBE-DNAsystemhadhigherstabilitycomparedwithFoxO1/IRE-DNAsystem,whichisconsistentwiththeexperimentaldata.Bycalculatingthehydrogenbondsinthetwosystems,thereweremorehydrogenbondswithhighoccupancyformedbetweenbasesThy2,Gua3,Thy7′ofDBE-DNAandtheproteinFoxO1.ItcontributedtohigherstabilityoftheFoxO1/DBE-DNAsystem.ThecomparisonofDNAgrooveparametersshowedthatitishelpfultobindingwiththeproteinFoxO1forcompressingminorgrooveat5′endandexpandingmajorgrooveat3′end.ItwillprovidenewinsightsintounderstandingthemodulationofFoxO1-DNAaffinityatatomiclevel.Keywords:FoxO1;DNA;moleculardynamicssimulation;majorgroove;minorgrooveFoxO蛋白是Fox家族的一个亚群,它们在哺乳动物细胞的凋亡、应激、细胞周期阻滞、DNA损伤/修复以及糖代谢调节中起着重要作用[1]。另外,小鼠基因敲除研究证明FoxOs也是肿瘤抑制因子[2]。作为FoxO蛋白家族的主要成员,FoxO1转录调节因子在动物的生长和肉品质方面发挥着重要的作用,并可能是糖尿病等疾病的重要治疗靶点[3,4]。FoxO1含有一段约100个氨基酸残基组成的DNA结合域,此区域称为FoxO1保守叉头(forkhead)盒序列,也叫做带翼螺旋(Wingedhelix)。FoxO1保守叉头和不同DNA的复合物晶体结构研究[5]揭示了FoxO1与不同DNA序列结合调节着FoxO1的活性。如图1所示,FoxO1保守叉头可以分别和IRE-DNA识别序列(5′-TTGTTTTG-3′)以及DBE-DNA识别序列(5...

1、当您付费下载文档后,您只拥有了使用权限,并不意味着购买了版权,文档只能用于自身使用,不得用于其他商业用途(如 [转卖]进行直接盈利或[编辑后售卖]进行间接盈利)。
2、本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供参考,付费前请自行鉴别。
3、如文档内容存在侵犯商业秘密、侵犯著作权等,请点击“举报”。

常见问题具体如下:

1、问:已经付过费的文档可以多次下载吗?

      答:可以。登陆您已经付过费的账号,付过费的文档可以免费进行多次下载。

2、问:已经付过费的文档不知下载到什么地方去了?

     答:电脑端-浏览器下载列表里可以找到;手机端-文件管理或下载里可以找到。

            如以上两种方式都没有找到,请提供您的交易单号或截图及接收文档的邮箱等有效信息,发送到客服邮箱,客服经核实后,会将您已经付过费的文档即时发到您邮箱。

注:微信交易号是以“420000”开头的28位数字;

       支付宝交易号是以“2024XXXX”交易日期开头的28位数字。

客服邮箱:

biganzikefu@outlook.com

所有的文档都被视为“模板”,用于写作参考,下载前须认真查看,确认无误后再购买;

文档大部份都是可以预览的,笔杆子文库无法对文档的真实性、完整性、准确性以及专业性等问题提供审核和保证,请慎重购买;

文档的总页数、文档格式和文档大小以系统显示为准(内容中显示的页数不一定正确),网站客服只以系统显示的页数、文件格式、文档大小作为依据;

如果您还有什么不清楚的或需要我们协助,可以联系客服邮箱:

biganzikefu@outlook.com

常见问题具体如下:

1、问:已经付过费的文档可以多次下载吗?

      答:可以。登陆您已经付过费的账号,付过费的文档可以免费进行多次下载。

2、问:已经付过费的文档不知下载到什么地方去了?

     答:电脑端-浏览器下载列表里可以找到;手机端-文件管理或下载里可以找到。

            如以上两种方式都没有找到,请提供您的交易单号或截图及接收文档的邮箱等有效信息,发送到客服邮箱,客服经核实后,会将您已经付过费的文档即时发到您邮箱。

注:微信交易号是以“420000”开头的28位数字;

       支付宝交易号是以“2024XXXX”交易日期开头的28位数字。

笔杆子文秘
机构认证
内容提供者

为您提供优质文档,供您参考!

确认删除?