安徽黄山地区肠道病毒71型的基因特征分析程鹏程韶光(黄山市疾病控制与预防中心安徽黄山243000)【摘要】目的：了解2012-2013年黄山地区流行的肠道病毒71型(EV71)基因型情况。方法：利用RT-nPCR检测两年43份临床诊断为手足口病患儿的咽拭子标木。结果：43份标木中检测到13份阳性EV71RNA,检出率为30.23%;经过测序证实13份标木均为EV71C4型。结论：黄山地区2012-2013年手足U病主要由C4型EV71病毒引起且存在很高的同源性。【关键词】肠道病毒71型手足口病基因型同源性【】R39【文献标识码】A【】2095-1752(2014)16-0049-03TheanalysisofgeniccharacteristicsofEnterovirus71inHuangshanAreaChengPeng,ChengShaoguang(HuangshanCenterforDiseaseControlandPrevention,Huangshan243000,China)【Abstact】ObjectiveInordertoinvestigatetheEV71genotypesinHuangshanarea.MethodsEV71RNAwasdetectedin43HFMDsamplesfromthehospitalsbyreversetranslationpolymerasechainreaction(RT-nPCR).ResultThereare13positiveproducts,positiverateis30.23%；Afterthe13positiveproductsweresequenced,theresultsshowthemallC4genotypeEV71.ConclusionItseemsthattheHFMDchildrenaremainlyinfectedbytheC4genotypeEV71inthisareaandthecurrentCgenotypeEV71didnotvariedsignificantlyinthecity.【KeyWord】EV71Hand-foot-mouthdiseaseGenotypeHomogeneous人类肠道病毒71型(EV71)属于肠病毒属A型，是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)主要病原体之一，临床症状有疱疹性咽峡炎、无菌性脑---本文来源于网络，仅供参考，勿照抄，如有侵权请联系删除---膜炎及脑炎等。EV71相比于苏他手足U病的病原最大的一点区别，是苏急性感染易造成严重的神经系统疾病，可引起10%-25%患儿死亡［1］。2008年安徽省阜阳市发生儿童感染EV71疫情，死亡总人数达到36人［2】。学者利用VP1序列的差异对EV71进行分子流行病学研究发现［2】，EV71可分为A、B、C三个型。各地流行的EV71病毒株存在差异，美国、澳大利亚、以及南美洲流行的毒株为A和B型毒株，1997年以后亚太地区开始EV71的流行，主要为C型［3］，而2008年安徽省阜阳市流行的毒株则为C4亚型。为了解皖南山区EV71流行毒株的基因型别，我们对2012-2013年黄山地区43例手足口病疑似患儿的咽拭子标本进行EV71RNA检测，对其中的13份RT-nPCR阳性产物进行测序，并与已知的基因型以及亚型代表株进行序列比对，发现本地区EV71感染虽然均为EV71C4型引起，但不同毒株之间存在一定的变异。1材料与方法1.1EV71代表株和序列从GenBank中获取8株EV71的VP1核苷酸序列，其中2株EV71为全基因序列，6株为EV71部分基因序列，包括A、B、C型。1.2临床标本根据卫生部发布的《手足口病预防控制指南》（2008年版收集2012年7月至2013年9月安徽黄山地区收治的临床诊断为手足口病患儿的咽拭子标本共43份。1.3引物的设计根据GenBank中己知的EV71核苷酸序列，利用不同的基因型以及亚型的保守区合成的一组通用性引物，引物序列为：第一轮:5-GTTCTTAACTCACATAGCA-3,5-CCRGTAGGKGTRCACGCRAC-3;第二轮：5-GTTCTTAACTCACATAGCA-3,5-TTGACAAAAACTGAGGGGTT-3。弓I物位于EV71VP1区域，能有效的扩增EV71A、B、C的基因片段［4］。1.4RNA抽提及半巢氏RT-PCR检测取200ul咽拭子按照圆点自动核酸抽提仪器进行病毒RNA的提取。所提取RNA---本文来源于网络，仅供参考，勿照抄，如有侵权请联系删除---贮于-70°C或立即进行反转录反应。实验设阴性对照，逆转录反应条件为：45°C逆转录60min,94°C预变性5min;第一轮PCR反应条件：94°C变性30s,50°C退火30s,72°C延伸45s,共35个循环；72°C再延伸lOmin。第二轮PCR反应条件:94°C30s,54°C45s,72°C45s,35个循环。1.5序列的测定和分析将PCR阳性产物用纯化试剂盒（天根）纯化后进行测序，由上海英骏生物公司完成序列的测定。采用分子生物学软件DNASTAR和MEGA4.1软件包进行序列的同源性比较、遗传距离计算以及基因进化树的绘制，方法参照文献［5】。2结果2.1、EV71RNA的检测应用RT-nPCR的方法，选择EV71不同型的通用性引物对本地...